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Prima stagione
Seconda stagione
Darien Fawkes è un ladro ed un truffatore che viene catturato dalle forze dell'ordine per la terza volta. Per evitare la galera, il giovane si offre volontario per un esperimento scientifico condotto dal fratello Kevin. Quest'ultimo, ed un altro scienziato di nome Arnaud, hanno creato una ghiandola sintetica denominata "Quicksilver", la quale possiede la capacità di rendere invisibile la persona che ne è portatrice. I due impiantano la ghiandola nel cervello di Darien. Scoperte le sue nuove abilità, Darien chiede al fratello di rimuovere la ghiandola, ma questi si rifiuta. Darien scopre anche un pericoloso effetto collaterale di "Quicksilver": circa ogni settimana, a seconda dell'uso frequente che viene fatto della ghiandola, questa scatena una incontrollabile furia nella persona che è stata impiantata. Perciò si rende necessaria l'inoculazione di un antidoto. Fawkes scopre che Arnaud sta tramando qualcosa alle spalle del collega Kevin. Lo scienziato infatti è in combutta con alcuni terroristi che penetrano nella base scientifica, la mettono a ferro e fuoco, ed uccidono tutti, Kevin compreso. Darien riesce a fuggire all'ultimo momento.
Come diventare un agente segreto
In fuga dagli uomini di Arnaud, Darien chiede aiuto prima a Eddie Mammoth e poi a Casey, una dottoressa, nonché sua ex-ragazza. L'uomo è deciso a farsi rimuovere la ghiandola, ma poi due uomini neri lo prelevano e lo conducono al cospetto del capo di una misteriosa agenzia sotto il controllo indiretto del Governo. Questi informa Darien che Arnaud si trova in Messico ed è deciso a vendere al miglior offerente i dati di "Quicksilver" sottratti a Kevin Fawkes. Darien si reca in Messico dove incontra Bobby Hobbes, il suo contatto. Dopo essere sfuggiti ad una coppia di sicari canadesi, i due ricevono informazioni circa il luogo in cui si nasconde Arnaud. Questi, nel frattempo, ha rapito Casey ed è deciso ad usarla come esca. Darien penetra nel nascondiglio di Arnaud che però riesce a distruggere la formula dell'antidoto. Dopo aver fatto esplodere la base, Darien riceve in extremis una dose di antidoto dal fratello di Arnaud, Huiclov. L'Ufficiale chiede a Darien di lavorare per l'agenzia, in cambio riceverà regolari iniezioni di antidoto. Darien accetta.
Un paziente in coma, da anni rinchiuso in un ospedale particolare, rinviene e compie una strage. L'Agenzia viene chiamata ad investigare; Darien e Hobbes scoprono che il fuggitivo possiede la capacità di uccidere le persone attraverso il semplice tocco, altamente velenoso. Darien viene a sapere dall'Ufficiale che Charlie Fogurty, questo è il nome del paziente in fuga, è un "Catevari", il risultato di un altro esperimento compiuto durante gli Anni Sessanta. Fawkes, conscio del fatto che lui e Fogurty hanno molto in comune, prende la decisione di salvare la vita di Charlie e fare il possibile affinché gli uomini dell'Agenzia non lo uccidano. Ma le cose non vanno come Darien aveva previsto.
Una ragazzina di nome Jessica è l'involontaria testimone dell'omicidio di un politico corrotto. La piccola è una ragazzina introversa e gli uomini dell'FBI non riescono ad ottenere da lei alcuna informazione utile per rintracciare il cecchino responsabile del fatto di sangue. Jessica ha però un amico speciale: Ralph. Si tratta del classico amico immaginario che nessuno vede, tranne lei. Darien decide di impersonare Ralph con il preciso scopo di venire a capo dell'omicidio per conto dell'Agenzia. Ma piano piano Darien finisce con l'affezionarsi a Jessica, la quale è ora nel mirino proprio dell'omicida che altri non è che uno dei federali, che aveva con il politico ucciso un vecchio conto in sospeso.
L'Agenzia viene sottoposta ad un controllo da parte di un incaricato del Tesoro. Per sfuggire alle molteplici imbarazzanti domande, l'Ufficiale spedisce Hobbes e Fawkes ad investigare sul suicidio di una parente dell'incaricato. Questa, una donna poliziotto, il giorno della sua morte si era recata da una specie di veggente che aveva predetto la morte del figlio della donna, mediante un colpo di pistola partito accidentalmente con l'arma di ordinanza della madre. Nel frattempo, Darien continua ad essere ossessionato da un incubo nel quale, preda di Quicksilver, uccide Hobbes. Le indagini rivelano che la figlia del veggente potrebbe aver fatto avverare una previsione nefasta del padre. Quando però l'incubo di Darien comincia a diventare reale ed il giovane si scaglia su Hobbes preda di una furia incontrollabile, tocca a Keeper intervenire per sedare l'ennesima crisi dell'uomo invisibile. Il veggente continua però a sostenere la sua previsione: un giorno, Darien ucciderà Hobbes! Keeper stampa sul braccio di Darien un serpente ouroboros, che d'ora in poi servirà a monitorare le crisi di follia prodotte da Quicksilver e quindi segnalerà la necessità di una immediata iniezione di antidoto. Deciso a saperne di più su Keeper, Darien segue la dottoressa fino a casa. Consultando alcuni incartamenti segreti, viene a sapere dell'esistenza di un secondo laboratorio all'interno dell'Agenzia, nel quale è rinchiusa una anziana donna di nome Gloria. Darien si convince che Gloria sia una parente di Keeper e l'aiuta a fuggire. Ma in realtà si tratta di una donna di 35 anni affetta dal contagioso morbo di Werner, il risultato di un esperimento fallito da Keeper durante la Guerra del Golfo. Gloria si reca a trovare la sua famiglia e qui Darien e Bobby riescono a bloccarla. Ma Fawkes viene contagiato dal virus dell'invecchiamento precoce. Keeper ha appena sintetizzato un antidoto sperimentale. Sia Gloria che Darien lo ricevono, ma c'è un problema che nessuno ha finora considerato. Cullum, l'assistente di Keeper, è in combutta con un generale dell'esercito che non vuole che la storia di Gloria venga resa di dominio pubblico. Così ha ordinato a Cullum di somministrare alla donna un inefficace placebo. Ma quando Darien si riprende, cominciano a farsi strada alcuni sospetti che conducono alla guarigione di Gloria e al suo ritorno a casa dieci anni dopo la sua scomparsa. Darien scopre il nome di Keeper: Claire Keeply.
I federali chiedono la collaborazione dell'Agenzia per risolvere un caso di rapimento che interessa l'amministratore delegato di una importante società. Darien viene mandato ad esplorare il luogo in cui è tenuto l'ostaggio. Ma qualcosa non va per il verso giusto ed il rifugio dei rapitori salta in aria. L'Ufficiale si assume la responsabilità del fallimento della missione e viene perciò sollevato dal suo incarico. Un nuovo agente, Luke Wilson, prende il suo posto. L'uomo vuole servirsi di Darien per fare carriera e lo costringe a diventare un sicario. Hobbes indaga sul rapimento e si convince che l'ostaggio potrebbe non essere deceduto durante l'esplosione, ma avrebbe inscenato il tutto per poter speculare finanziariamente sulla sua stessa società.
Darien viene contattato da una sua vecchia amica e complice di nome Liz. La donna sta per compiere un furto ed ha bisogno della collaborazione di Fawkes. Anche se riluttante, Darien accetta di tornare alla sua vecchia vita. Ma quando viene a sapere che il cliente di Liz è un noto boss della malavita, il giovane comincia ad avere dei ripensamenti. L'uomo vuole entrare in possesso di alcuni documenti che sono contenuti all'interno di un ufficio federale, nella fattispecie il nome e l'indirizzo di un testimone. Darien prova a salvare la situazione, facendo in modo che Liz non cada nelle mani dell'Agenzia.
La dottoressa Kate Easton ha inventato il "cubo quantico", un nuovo computer ultra potente. Ma la nuova invenzione è appena stata rubata e l'Ufficiale spedisce Hobbes e Fawkes ad indagare sul furto. Darien scopre che a rubare il cubo è stata proprio la Easton. Quest'ultima non vuole che la nuova invenzione cada nelle mani degli uomini della NSA, i quali intendono utilizzarla per scopi militari. Ma l'uomo invisibile decide di non denunciare la dottoressa all'Agenzia, in parte per un coinvolgimento sentimentale con la donna ed in parte perché il computer potrebbe fornire la risposta che Darien sta agognando di sapere da tempo e cioè un metodo sicuro per rimuovere "Quicksilver" dalla sua testa senza provocare la morte del "contenitore". I due però finiscono nel mirino degli uomini di Callahan, il capo di Kate, il quale vuole che il cubo non venga utilizzato mai. Kate viene rapita e così Hobbes organizza uno scambio. Callahan troverà la morte e la Easton sarà costretta a rinunciare per sempre alla sua grande, ma davvero troppo pericolosa, invenzione.
Hobbes ha ricominciato a pedinare la sua ex-moglie Vivian. La donna ha un nuovo fidanzato, un ufficiale della Marina di nome Brock. Hobbes è convinto che si tratti di un poco di buono. Darien scopre che questi sta cercando di contrabbandare illegalmente delle armi. Ma quando l'Agenzia, con una operazione coordinata dall'Ufficiale, riesce a fermare Brock e i suoi complici, viene alla luce che si tratta di un uomo dei reparti investigativi della Marina che da tempo sta cercando di incastrare un trafficante di armi noto come Mister White. E così Darien e Bobby si vedono costretti a sostituirsi ai complici di Brock per fare in modo che l'operazione vada avanti. Una volta catturato White, che si rivela essere una donna a capo di un movimento di resistenza di un paese straniero, Hobbes si riconcilia con la moglie.
Durante un inseguimento, Hobbes cade da una scala antincendio e finisce all'ospedale. In seguito alla caduta, l'uomo riporta un danno cerebrale: la perdita della memoria "operativa", cioè quella cosiddetta a breve termine. Convinto di trovarsi in ospedale per una missione, Hobbes vaga per l'edificio ed è testimone di una singolare operazione chirurgica. Qualche giorno dopo, l'uomo viene sottoposto ad un intervento che ristabilisce le sue funzioni cerebrali. Insieme a Fawkes, Bobby decide di rintracciare una senzatetto, Sarah, con la quale l'agente aveva condiviso la stanza durante la degenza. Il ritrovamento della ragazza coincide con una scoperta agghiacciante: Sarah ed altri senzatetto sono stati sottoposti ad un intervento, mediante il quale è stata loro asportata una sostanza cerebrale, le cellule di Schwann, che in seguito è stata impiantata in altri pazienti più importanti nella scala sociale. Privati delle cellule, i senzatetto sembrano ora privi di alcune funzioni mentali. Hobbes, Darien e Keeper decidono di agire per fermare l'abominevole azione del dottor Carver, l'uomo a capo del sinistro progetto.
L'Ufficiale viene aggredito nel suo studio da un misterioso, ed invisibile, intruso. Subito Hobbes e Keeper pensano che il responsabile sia Darien e lo prelevano. Ma Eberts rivela che, prima di Darien, un altro uomo di nome Simon Cole fu sottoposto all'impianto della ghiandola "Quicksilver". Fawkes e Hobbes interrogano Ivy, la fidanzata di quest'ultimo. Modificando i suoi occhi, Darien riesce ad individuare Cole e lo insegue. In seguito, Keeper, Bobby e Darien si recano nel laboratorio dove Darien è stato "creato" e l'uomo invisibile ritrova un quaderno di appunti scritto proprio da Simon Cole. Il sonno di Darien comincia ad essere tormentato da alcune strane visioni fino a quando Keeper risolve il mistero. La ghiandola che Fawkes ha nel suo cervello è la stessa di Cole ed ora i ricordi e la personalità dell'uomo, che svolgeva per la CIA compiti da sicario, sta prendendo il sopravvento. Darien deve essere fermato e sottoposto ad un trattamento che possa mettere fine alla connessione con Cole.
Darien riceve una telefonata dal vecchio medico della sua città natale, il quale racconta di aver appena visto Kevin, il fratello di Fawkes. L'uomo torna a casa per investigare. Anche la zia Celia dichiara di aver ricevuto una visita di Kevin; Darien si convince che l'Agenzia abbia complottato per fargli credere che suo fratello fosse morto così da poter continuare a servirsi di lui come uomo invisibile. Investigando insieme a Hobbes, Darien scopre inoltre che suo zio fu il primo scienziato ad ipotizzare la creazione di "Quicksilver", studio che fu poi proseguito da Kevin. Darien riceve una telefonata dal redivivo fratello, ma una volta sul posto indicato come luogo dell'incontro si ritrova faccia a faccia con Arnaud, il quale si è impossessato di alcuni documenti che spiegano come rimuovere la ghiandola. Durante un inseguimento, Darien preferisce recuperare i fogli dello zio e lasciare che Arnaud tagli di nuovo la corda.
Incapace di mettere a punto una ghiandola sintetica, il Governo cinese decide di rapire l'americano che è stato impiantato. Ma, a causa di un errore compiuto dagli uomini dei servizi segreti, i cinesi sono convinti che l'individuo invisibile sia Bobby Hobbes. Quest'ultimo e Fawkes sono quindi costretti a convivere insieme per qualche tempo. Dopo una serie di inseguimenti, Bobby muore in un incidente stradale. In realtà, morte e funerale successivo fanno parte di una astuta farsa, messa in piedi dagli uomini dell'Agenzia per liberarsi dalla minaccia asiatica. Ma Hobbes viene comunque rapito e così Fawkes, Keeper e l'Ufficiale sono costretti a predisporre un piano che permetta loro di entrare nell'ambasciata cinese. Qui, Fawkes scopre che il rapimento di Bobby era in realtà un espediente per attirare nell'edificio proprio il vero uomo invisibile. Darien viene sottoposto al prelievo di parte del "Quicksilver". Liberatisi, Fawkes e Hobbes riescono ad impedire il trasferimento del liquido prelevato dal cervello dell'uomo invisibile. Grazie alle sue conoscenze altolocate, Ufficiale riesce ad impedire che gli uomini dei servizi segreti scoprano l'esistenza di Fawkes.
Un noto killer usa il laser per accecare i testimoni dei suoi delitti. Fawkes e Hobbes lo inseguono e giungono sulle tracce di una modella non vedente della quale il killer sembra essere innamorato. L'uomo riesce a scappare e, nella fuga, acceca Fawkes. L'uomo invisibile può però ancora vedere quando mette in funzione la ghiandola all'altezza degli occhi, ma questo sembra in qualche modo accelerare il processo che lo conduce alla follia. La modella prova ad insegnare a Darien come fare a vivere senza l'uso della vista e i due finiscono con l'essere attratti l'uno dall'altra. Fawkes arriva alla conclusione che l'ultima vittima del killer è servita solo a costringere il vero bersaglio ad uscire allo scoperto durante il funerale. Fawkes e Hobbes si preparano a neutralizzare il killer.
Darien, Keeper e Hobbes vengono mandati a Santa Ruego per convincere il Primo Ministro di quello stato a votare contro l'installazione di un nuovo sistema missilistico, il Biox. Il piano prevede che Darien si finga un fantasma al fine di persuadere l'uomo, particolarmente superstizioso, a prendere la giusta decisione. Ma a complicare l'intervento di Fawkes, arriva una donna, la quale sembra possedere il potere di incamerare nel suo corpo una notevole quantità d'acqua. Scambiata per la "Llarona", il fantasma che annega gli uomini con un bacio, questa si rivela essere un'agente geneticamente modificata, mandata a Santa Ruego da una misteriosa organizzazione che ha degli scopi ben diversi rispetto a quelli dell'Agenzia. Darien vince la sua attrazione per la donna e riesce a convincere il Primo Ministro a votare contro. Ma la misteriosa organizzazione promette vendetta.
Hobbes e Fawkes devono ritrovare un ladro ed il bottino di una rapina: alcuni barattoli contenenti lo sperma di celeberrimi premi Nobel. I due agenti scoprono che un professore ha usato lo sperma per isolare il gene dell'intelligenza ed ha inoculato la sostanza ottenuta in alcuni soggetti, sotto forma di retrovirus. Hobbes viene infettato e subito comincia a manifestare un'intelligenza al di fuori del comune. Gli altri soggetti, che si sono volutamente sottoposti alla singolare "terapia", cominciano ben presto ad esternare alcune forme di squilibrio mentale. Bobby rifiuta di sottoporsi al trattamento che lo farebbe regredire. Darien, il cui retrovirus potrebbe ucciderlo all'istante, decide di inocularsi la sostanza al fine di convincere l'amico a desistere sulla sua strada ed informare Keeper sulla procedura da seguire per poter sintetizzare una specie di antidoto.
Keeper tenta di uccidere un perfetto sconosciuto. Il fatto potrebbe essere collegato con una serie di bizzarri omicidi: in tutti i casi la vittima e l'assassino non si sono mai visti prima del giorno dell'omicidio. Le indagini conducono Hobbes e Fawkes ad indagare su alcune cliniche del sonno, fino a quando si imbattono in due programmatori di computer che hanno sviluppato un programma di lavaggio del cervello che costringe delle persone normali a diventare dei mortali assassini. Nel frattempo, Keeper fugge dall'Agenzia, decisa a portare a termine il suo compito.
Darien si imbatte di nuovo in Kate Easton. La scienziata è ancora una volta nei guai: qualcuno sta infatti rapendo tutti i suoi colleghi. Ben presto Fawkes e Hobbes scoprono che dietro i crimini c'è lo zampino di Allianora, l'agente della misteriosa organizzazione che avevano già incontrato a Santa Ruego. Kate viene rapita e messa in uno stato di sospensione criogenica. La misteriosa organizzazione sta infatti radunando un gruppo di scienziati in vista di una catastrofe imminente. L'Agenzia riesce ad intrappolare Allianora, ma l'unico modo per conoscere il luogo in cui si trovano gli scienziati è farle credere nel tradimento di Darien nei confronti dell'Agenzia. Quest'ultimo arriva nel magazzino nel quale i complici di Allianora tengono gli ostaggi sotto ghiaccio. Fawkes porta Kate in ospedale, mentre Hobbes e Keeper irrompono nei locali dell'organizzazione. Ma li trovano inspiegabilmente vuoti. Nel frattempo, Keeper comincia a porsi delle domande sulla futura catastrofe che starebbe per colpire il nostro pianeta.
Darien e Hobbes si incontrano con Yuri, un contatto ex-KGB amico di Bobby, il quale potrebbe condurli sulle tracce di Arnaud. Quest'ultimo si presenta all'appuntamento con Yuri, ma scopre la presenza di Fawkes. Riesce rocambolescamente a fuggire, non prima di aver infettato Darien con un virus molto simile all'influenza. L'Ufficiale e Keeper decidono di far ricoverare Darien in un ospedale militare dove Arnaud si intrufola e prepara l'occorrente per l'espianto del Quicksilver. Ma il virus potrebbe aver infettato la ghiandola e così Arnaud è costretto a rinviare l'operazione. Darien viene rapito e subito dopo gli uomini di Arnaud catturano Keeper. La dottoressa dovrà trovare una cura per il virus che ha colpito Fawkes, mentre nel frattempo quest'ultimo cade ancora una volta preda della follia causata dalla ghiandola. Darien tenta di uccidere Arnaud, ma Keeper riesce a farlo desistere. L'uomo approfitta del momento di difficoltà per scappare ancora una volta. Keeper riesce a trovare il giusto anticorpo per mettere fine alla malattia che ha infettato l'uomo invisibile.
Darien riceve da Allianora e dalla misteriosa organizzazione nella quale la donna milita, la Crisalide, alcune informazioni circa la "soluzione Beta", vale a dire l'uomo che dovrebbe sostituirlo una volta rimossa la ghiandola. Uno dei capi della della Crisalide, Jarod Stark, fa una proposta a Darien. Investigando su alcuni fascicoli, Fawkes scopre che l'Ufficiale potrebbe aver occultato dei fondi e chiede spiegazioni. Ufficiale dichiara che la "soluzione Beta" è già in atto e si tratta proprio di Fawkes. Darien decide di fare il doppio gioco con gli uomini della Crisalide. Per provare la sua lealtà, dovrà uccidere Allianora. Successivamente tenta di penetrare i computer di Stark ma viene scoperto. Allianora riesce a liberarlo un secondo prima dell'esplosione del quartier generale di Stark. Ufficiale confessa a Darien di aver consegnato volutamente ad Allianora le informazioni al fine di individuare e smantellare una delle basi della Crisalide.
L'Agenzia è a corto di fondi e così l'Ufficiale decide di recarsi insieme a Hobbes, Keeper e Fawkes nel casinò di Las Crusas di proprietà di Arnaud De Fehrn. Qui, con l'aiuto dell'uomo invisibile, riescono a vincere più di un milione di dollari. Il piano sembra essere andato per il verso giusto, ma poi Darien decide di rubare altri cinque milioni dalle casse del casinò. Messo alle strette dall'Ufficiale, Fawkes nega ogni responsabilità. Arnaud telefona all'uomo invisibile offrendo, in cambio dei 5 milioni di dollari, la formula per l'antidoto. L'Ufficiale decide di punire Fawkes e confisca l'antidoto. Fawkes si reca in prigione a trovare Huiclov, il fratello di Arnaud, per avere notizie circa il luogo in cui si nasconde De Fehrn. Huiclov fa il nome di una dottoressa. E così Darien si precipita in ospedale, preda della follia del Quicksilver, e ne nasce un piccolo tafferuglio, il quale non sfugge a O'Ryan, l'uomo incaricato dall'Ufficiale di ritrovare Fawkes. Anche Hobbes arriva in ospedale in tempo per assistere ad una nuova e bizzarra trasformazione: gli occhi di Darien sono divenuti color del Quicksilver, segno che l'uomo invisibile ha oltrepassato un nuovo stadio della follia. Fawkes fa al suo collega una proposta allettante: condividere i soldi con lui e fare quello che ha sempre sognato nella vita. NOTA: negli USA, al termine dell'episodio, Sci-Fi Channel lanciò un sondaggio su Internet: agli spettatori fu chiesto se Hobbes avrebbe dovuto o meno accettare la proposta di Fawkes.
Hobbes decide di accettare l'offerta di Darien. L'uomo invisibile è deciso a trovare Arnaud a tutti i costi; per questo motivo si rivolge alla dottoressa Rendell. Quest'ultima ha impiantato a De Fehrn una nuova ghiandola, che però non sembra funzionare al meglio. Darien, in preda al quinto stadio della follia, tenta di uccidere Arnaud, ma all'ultimo momento Bobby glielo impedisce. Mentre Fawkes continua a fare danni, Hobbes sigla un patto con Arnaud: gli consentirà di studiare Fawkes in cambio di un antidoto che riesca a mettere fine alla pazzia di Darien. Il piano riesce e così Rendell può studiare la ghiandola del Quicksilver nel cervello di Fawkes. Darien ottiene l'antidoto, ma prima che questi inizi a fare effetto, l'uomo si scaglia su Arnaud. Lo scienziato, resosi invisibile, riesce a fuggire, mentre piano piano la follia di Darien regredisce. Qualche giorno dopo, la dottoressa Rendell riceve una visita: si tratta di Arnaud. L'operazione non sembra essere andata per il verso giusto: l'uomo infatti sembra essere diventato invisibile permanentemente.
Darien e Bobby sventano il tentativo di corruzione di un politico da parte di Allianora e così i membri della Crisalide si convincono che all'interno della loro organizzazione vi sia una talpa. Dopo aver passato la notte con Allianora, Darien si reca con Bobby ad un appuntamento con il loro contatto, il quale però viene freddato davanti agli occhi dei due agenti federali. Keeper scopre che, durante il suo amplesso con Allianora, a Darien è stata inoculata una nano-spia che ora controlla e vede ogni suo movimento. Agli uomini della Crisalide viene fatto credere che Fawkes sia morto, mentre in realtà un elmetto protettivo scherma il controllo della spia. L'Agenzia scopre che la misteriosa organizzazione vuole infettare gli studenti di una scuola d'elite. Durante uno scontro, l'elmetto protettivo viene distrutto. Seguendo di nuovo i movimenti di Darien, una squadra della Crisalide arriva alla scuola per tentare di neutralizzare l'uomo invisibile, Keeper e Hobbes. Darien finisce dentro una piscina e potrebbe morire annegato: Allianora gli salva la vita. Provata la slealtà di Allianora, Stark la uccide. La donna muore fra le braccia di Darien. Keeper trova un vaccino per neutralizzare la nano-spia. Fawkes viene a sapere che questi è stato estratto proprio da Allianora.
L'Agenzia è ora controllata dall'Ufficio per gli Affari Indiani. Il primo incarico per Fawkes e Hobbes è quello di scoprire il responsabile di due omicidi avvenuti nella foresta. Subito nasce il sospetto che l'assassino potrebbe essere l'enorme creatura, simile al Bigfoot, denominata Wendigo. La conferma arriva con il ritrovamento, sul luogo dei delitti, di un'enorme impronta. A complicare l'indagine si intromette un uomo armato che spara contro Darien, Bobby e Keeper. Durante la notte, il campo viene attaccato dalla creatura, che si rivela essere invisibile. Darien è sicuro che il Quicksilver sia il prodotto della manipolazione della ghiandola di una creatura simile. Durante il successivo attacco, Fawkes viene fatto prigioniero dal mostro, che molto probabilmente crede che Darien sia un esemplare della sua specie ed ha intenzione di procreare insieme a lui. L'uomo dei boschi ricompare e si rivela essere un criptozoologo che ha un conto in sospeso con la creatura, la quale anni prima si è resa responsabile dell'uccisione della moglie. Ma anch'egli trova la morte, facendosi saltare in aria. Convinti della fine della minaccia, Hobbes, Fawkes e Claire tornano in città per fare rapporto all'Ufficiale.
L'Agenzia passa sotto il diretto controllo del Dipartimento delle Risorse Umane. Questo, coincide con l'arrivo di una nuova agente, Alexandra Monroe. La donna sembra conoscere tutto di tutti ed ha una nuova indagine sulla quale indagare: la scomparsa di alcuni bambini, prelevati direttamente dagli ospedali dopo la loro nascita. Darien riesce a prevenire uno dei rapimenti. Seguendo l'ambulanza che avrebbe dovuto condurre il piccolo fuori dall'ospedale, Fawkes, Hobbes e Monroe arrivano in un campo di addestramento per bambini, gestito dagli uomini della Crisalide. Hobbes scopre che Monroe sta cercando suo figlio, anch'egli rapito alcuni anni prima. Gli uomini dell'Agenzia predispongono una irruzione, ma i piccoli del campo si armano e si preparano a compiere una vera e propria strage. Darien decide di costringere Stark ad uscire allo scoperto. Per evitare uno spargimento di sangue, Stark ordina ai bambini di consegnarsi. L'esame del DNA rivela però che il figlio di Alex non era fra i piccoli reclusi. NOTA: Brandy Ledford entra nel cast nel ruolo di Alex Monroe. I nuovi titoli di testa includono la Ledford ed anche Mike McCafferty nel ruolo di Albert Eberts.
L'importanza di chiamarsi Eberts
Hobbes e Darien indagano su di un hacker che si è introdotto nel sistema dell'Agenzia. L'uomo viene individuato in un edificio, ma riesce a sfuggire alla cattura. Così l'Ufficiale decide di affiancare Eberts, l'esperto di computer, ai due agenti. Dopo una colluttazione avvenuta nel retro di un cyber café, Hobbes comincia a nutrire dei sospetti sull'assistente dell'Ufficiale. Bobby convince Fawkes ad introdursi in casa di Eberts, dove tutto è sottosopra, fatto strano vista la mania per l'ordine dell'uomo. Darien e Bobby arrivano in un magazzino abbandonato, dove trovano il vero Eberts legato ed imbavagliato. Viene così alla luce che l'attuale Eberts che si trova in Agenzia altri non è che Arnaud, ancora del tutto incapace di rendersi visibile, il quale mira a scaricare l'intero database sul Quicksilver che si trova nel computer di Keeper. Dopo l'ennesimo inseguimento, Arnaud riesce a fuggire di nuovo.
Fawkes, Hobbes e Alex devono accompagnare un bambino di nome Adam Reese a compiere alcuni test, ma sulla strada subiscono l'ennesimo attacco degli uomini di Crisalide. Monroe rivela che Adam è stato infettato da uno scienziato sovietico, nostalgico della guerra fredda, con un mortale virus latente, simile all'Ebola, che presto si manifesterà mietendo fino ad un milione di vittime. Quando Darien viene a sapere che gli uomini della base, nella quale il piccolo è stato accompagnato, hanno intenzione di sopprimere il ragazzino, decide di liberarlo e lo mette al sicuro a casa di Eberts. In seguito, Darien decide di fare un patto con Jarod Stark al fine di ottenere un'unità di criostasi che possa mantenere in vita il ragazzino il tempo necessario per individuare un vaccino contro il virus che gli è stato inoculato.
una missione di routine all'interno di un ufficio postale, Hobbes impazzisce all'improvviso e comincia a sparare. Rinchiuso nel reparto psichiatrico dell'ospedale Stanton, viene sottoposto ad una serie di accertamenti. Sia Fawkes che Monroe vengono interrogati dalla dottoressa Day in merito agli eventi che hanno condotto alla sparatoria ed ognuno fornisce la propria versione. L'unico dato in comune sembra essere il ritrovamento, in mezzo alla posta in giacenza, di un bigliettino di auguri natalizi con tanto di musica. Fawkes chiede a Eberts di ritrovare il biglietto, ma quando Albert rintraccia la lettera impazzisce a sua volta e si barrica con due ostaggi, Amanda e Walter, dentro l'ufficio postale. Fawkes interviene per mettere fine alla situazione pericolosa. In seguito, si scopre che il biglietto di auguri era contaminato con una sostanza atta a causare un momentaneo squilibrio psichico nei malcapitati destinatari. Il mittente della missiva era un fantomatico "Capitan Caos". Hobbes si riprende e ringrazia Fawkes di avergli sempre creduto.
Dopo che un'operazione è andata nel peggiore dei modi a causa dell'ennesima crisi da Quicksilver, Darien ritiene che sia arrivato il momento di trovare un modo per rimuovere la ghiandola. Nonostante il parere contrario dell'Ufficiale, Fawkes convince Keeper ad iniettargli una dose dell'RNA del fratello Kevin direttamente nella corteccia cerebrale, in modo così da recuperare i ricordi dello scienziato, così come era accaduto con quelli di Simon Cole, il precedente uomo invisibile. L'operazione ha successo, ma per trovare la cura, Kevin deve conoscere il procedimento mediante il quale Arnaud ha modificato la ghiandola. Hobbes e "Kevin" seguono la dottoressa Rendell ed arrivano a De Fehrn, il quale è ancora invisibile. Resosi conto che la personalità di Kevin ha preso possesso del corpo di Darien, Arnaud rapisce l'uomo invisibile e lo costringe a lavorare per trovare una soluzione al suo problema. Ma Kevin, facendosi iniettare una dose di antidoto, fa in modo che Darien riemerga. Dopo l'ennesimo tafferuglio, Arnaud riesce a fuggire ancora una volta. "Kevin" ha trovato il modo per rimuovere la ghiandola, ma decide di non rivelarlo: a suo dire, Quicksilver ha migliorato il fratello, facendolo diventare una brava persona.
Un uomo di nome Thomas Walker si presenta a casa di Darien in cerca di Kevin Fawkes. Costui dichiara di essere il risultato di un esperimento fallito di Kevin e di un certo Augustine Gaither. Thomas è un asensato, un individuo cioè privo dei sensi, ad eccezione del tatto. Walker conduce Darien nei pressi di un edificio al cui interno si trovano molte persone che sono rimaste menomate a causa degli esperimenti condotti da Kevin e Gaither. La visita di Darien e Thomas attira l'attenzione degli uomini del RRAB (Reparto Ricerche Armi Biologiche). Il capo della sezione si presenta all'Agenzia ed ha un franco colloquio con l'Ufficiale al quale ordina di fermare qualsiasi indagine in corso sul suo reparto. Hobbes corre ad avvertire Darien, ma viene pedinato e così Fawkes, Bobby e Thomas vengono fatti prigionieri dagli uomini del RRAB. L'Ufficiale tratta con il capo senza nome del reparto e riesce ad ottenere la loro liberazione. Ma Darien è deciso a trarre in salvo anche Walker. Durante la missione, Fawkes si convince che il capo del RRAB è in realtà Gaither. Certo che quest'ultimo conosce la metodologia che potrebbe liberarlo dalla ghiandola, Darien torna di nuovo sui suoi passi. Ma scopre un'amara verità: Thomas Walker è in realtà Augustine Gaither. Quando l'esperimento sull'uomo asensato venne messo da parte, Gaither lo testò su sé stesso con esiti catastrofici, incluso il blocco della memoria. Gli uomini del reparto speciale fanno saltare in aria il rifugio dove Hobbes ha condotto Gaither e si convincono di aver ucciso lo scienziato. Questi è in salvo presso l'Agenzia.
Sotto copertura, Darien si infiltra in una banda di terroristi, guidati dal misterioso Javier. L'uomo invisibile scopre che i terroristi stanno assemblando le parti di una bomba elettromagnetica che potrebbe produrre un danno incalcolabile, disabilitando tutti i componenti elettronici nel raggio di un intero stato. Fawkes e Dante, il capo della banda, vengono arrestati e condotti in prigione. Qui, Darien deve convincere Dante a rivelare dove i terroristi hanno intenzione di colpire, ed al tempo stesso deve guardarsi da due suoi ex-colleghi, che sembrano avere alcuni conti in sospeso. Darien persuade Dante sul fatto di poterlo far evadere, mentre Hobbes e Monroe individuano il resto del commando agli ordini di Javier. Una volta fuori di prigione, Dante e Fawkes si preparano a far saltare la bomba nei pressi di un aeroporto, mentre Hobbes e Monroe tentano di disinnescare un ordigno che si rivela essere fasullo. Darien fa in modo che la bomba vera esploda sott'acqua.
Durante una missione, Darien prende un brutto colpo alla schiena. L'Ufficiale si rifiuta di pagare un trattamento medico e così, su consiglio di Hobbes, l'uomo invisibile decide di rivolgersi ad una esperta di agopuntura. Ma durante la prima seduta, il giovane diventa invisibile rivelando così il suo segreto. La visita successiva, la dottoressa Charlene Jay attacca a Fawkes alcuni aghi collegati con un dispositivo che rilascia scariche elettriche. La donna obbliga l'agente federale a rubare i Nove aghi di Chang-Li, i quali sono custoditi in un museo e si dice siano pervasi da una forza mistica. Charlene vuole servirsene per curare il suo maestro. Darien è costretto a sottostare al ricatto e ruba gli aghi. Ma qualcosa non va per il verso giusto: Jay si convince che gli aghi siano caduti preda della nefasta influenza dell'uomo che li custodiva ed obbliga Darien ad ucciderlo. Con l'aiuto dei suoi colleghi, Darien riesce a prevenire l'omicidio, giusto in tempo prima di essere sopraffatto da una nuova crisi del Quicksilver.
Darien e Bobby tentano di fermare l'ennesimo esperimento compiuto dagli uomini della Crisalide: il test di un laser che può generare dei fulmini. Darien viene colpito da uno di questi ultimi che gli provoca un'amnesia. In ospedale, Stark cerca di fargli credere che gli uomini della Crisalide sono la CIA e che lui sta lavorando per loro. Scoperta la sua invisibilità, Darien si lascia convincere, ma poi viene rapito da Arnaud, il quale gli rifila un'altra bugia: dice a Darien di chiamarsi Kevin e dichiara di essere suo fratello. Persuaso, alla fine, dalla storia raccontata da Arnaud, Darien decide di aiutare il fratello a liberare Johnny, il terzo dei Fawkes. In realtà si tratta di Huiclov. All'ultimo momento, Hobbes e Monroe arrivano alla prigione, e Darien recupera la memoria. Purtroppo, subisce gli effetti della follia e questo permette ad Arnaud di fuggire ancora una volta. Ma Stark ha scoperto che c'è un secondo uomo invisibile e così lui e Arnaud siglano un patto che prevede il ritorno alla visibilità per De Fehrn e la morte di Darien Fawkes.
Darien viene infettato da un esperimento in corso sull'antidoto per la pazzia da Quicksilver. L'infezione comincia a rendere permanentemente invisibile una parte del suo corpo. Non solo: questa è anche contagiosa. Keeper viene infettata e ben presto subisce gli effetti della follia. Durante una colluttazione tra Keeper, Hobbes e l'Ufficiale, quest'ultimo viene infettato e comincia a scomparire. L'Agenzia viene messa sotto quarantena, mentre Hobbes inizia a manifestare i primi segni del virus. Ma questo non sembra produrre gli stessi effetti che ha avuto sugli altri. Infatti Bobby sembra avere tutti i sintomi di una reazione allergica al cibo avariato. Così Keeper spedisce Monroe, l'unica agente all'esterno dell'edificio, a requisire una partita di majonese andata a male, nella stessa paninoteca in cui Hobbes si era appena recato con Eberts. Tutti sono costretti a mangiare la stessa majonese che nel giro di poche ore manifesta la sua terrificante reazione, ma contribuisce a mettere fine al contagio batteriologico.
L'Agenzia localizza un nuovo campo di bambini gestito dagli uomini della Crisalide: questa volta si tratta di un asilo nido. Fawkes e Monroe riescono a penetrare nella struttura e a sottrarre i piccoli rapiti. Finalmente viene anche individuato James, il bambino messo al mondo da Alex. Ma una brutta notizia attende la donna: alcuni esami hanno confermato che James è il figlio di Stark e sua moglie. Una donna misteriosa riesce a prevenire un attentato contro l'Agenzia: costei si rivela essere Eleanor Stark, la madre di James. Dopo essere sfuggita ad un agguato in casa, Alex ha deciso di tenere James al sicuro all'Agenzia. Eleanor dichiara di essere sfuggita dagli uomini della Crisalide e di essere pronta a collaborare. Anche la donna sfugge per miracolo ad un attacco degli uomini mandati da suo marito. L'Ufficiale predispone l'inserimento della donna nel programma di protezione, mentre Alex prende la decisione di lasciarle il piccolo James, il cui vero nome è Brendon. Inoltre decide di rimanere a lavorare all'interno dell'Agenzia, nonostante il motivo per il quale si era unita agli uomini dell'Ufficiale ora non sussista più. Ma quello che nessuno può sospettare è che Eleanor Stark non ha affatto tradito la Crisalide: una volta al sicuro, il marito e i suoi uomini recuperano madre e figlio, compiendo l'ennesima strage. Tutte le informazioni fornite dalla donna si rivelano essere false.
L'Agenzia passa sotto il controllo dell'Ufficio Pesi e Misure. Durante un'indagine per conto dei nuovi datori di lavoro, Darien individua un essere fluttuante fatto di luce ed energia; quando ne parla con Keeper, questa gli consiglia di consultare uno psichiatra. Ma Fawkes non si dà per vinto, certo del fatto di non essere caduto vittima di allucinazioni. Parlando con una delle impiegate dell'azienda produttrice di acqua sulla quale lui e Hobbes stavano investigando, Megan McCrier, l'uomo invisibile viene a sapere che la madre di quest'ultima, Lucille, è scomparsa da alcune settimane. La ragazza è convinta che la donna sia ancora vicina a lei e stia tentando di comunicarle qualcosa. Fawkes e Hobbes si recano presso l'azienda per la quale Lucille lavorava e scoprono che il dottor Hendrick, il capo della donna, l'ha uccisa rinchiudendola in un acceleratore di particelle. Spacciandosi per il fantasma della donna, e con l'aiuto di Megan, Darien riesce ad incastrare Hendrick, il quale muore, bloccato nell'acceleratore, mentre la macchina è in funzione.
Fawkes e Hobbes vengono spediti dall'Ufficiale ad affiancare altri agenti della NSA incaricati di rintracciare e fermare Forrester Purdue, un sicario al soldo del governo. Darien scopre che colui che stanno cercando è in realtà Mason Fawkes, suo padre. Un uomo di nome Malachi Royce ha ordinato l'uccisione di un senatore degli Stati Uniti. Al rifiuto di Mason di compiere l'omicidio, Royce ha organizzato una vera e propria caccia all'uomo. Purtroppo, gli uomini di Royce arrivano sulle tracce di Madeline, la nonna di Darien e pensano di usarla come esca per fermare Mason. Fawkes e Hobbes riescono a salvare Madeleine, poi escogitano un trucco per riuscire a registrare la voce di Royce mentre ordina a Darien di uccidere il senatore. Darien e suo padre hanno modo di parlarsi ancora una volta, ma poi Mason è costretto a scomparire di nuovo per non mettere in pericolo la vita del figlio e degli altri familiari. NOTA: Madeleine Fawkes è interpretata da Gloria Stuart, che nel 1933 interpretò il ruolo della fidanzata di Claude Rains nel primo, storico,"Uomo Invisibile".
L'Agenzia si trova in improvvise ristrettezze economiche e così Eberts indaga sulla distribuzione dei fondi. Viene alla luce che una misteriosa Agenzia di Segregazione e Solitudine riceve un budget federale decisamente superiore. Così Hobbes e Fawkes si mettono sulle tracce di Paul Grant, l'unico responsabile vivo di questa fantomatica agenzia. I due interferiscono con il trasferimento di Grant in un altro luogo, poi si risvegliano all'interno della "Comunità", una specie di piccolo microcosmo nel quale si sono ritirati tutti gli agenti che hanno perso la copertura e dal quale non si può in alcun modo fuggire. Nella "Comunità", Hobbes incontra Jack Corelli, un suo vecchio partner che cerca di tradirlo. Purtroppo la fuga diviene un imperativo quando il tatuaggio di Fawkes inizia a manifestare l'imminente crisi da Quicksilver. I due agenti decidono di servirsi di uno dei mini elicotteri che sorvegliano la cittadina per cercare di fuggire. In cambio del silenzio sull'esistenza della "Comunità", l'Agenzia riceverà parte dei fondi destinati a "Segregazione e Solitudine", con enorme soddisfazione dell'Ufficiale.
Con l'aiuto di Tommy Walker, Keeper riesce a sintetizzare un nuovo siero della verità. L'Ufficiale pensa di vendere il nuovo composto agli uomini della CIA, i quali vogliono servirsene per far parlare Ted Stanhope, una spia al soldo dei russi. Ma questi riesce a fuggire, con Keeper in ostaggio, prima dell'interrogatorio. Durante la fuga, Stanhope inocula dentro Claire il siero della verità. Walker spiega che il composto agisce seguendo tre fasi ben distinte: la verbosità, il delirio ed infine la perdita di ogni inibizione. Stanhope pensa di vendere Keeper e i segreti sul progetto Uomo Invisibile, che la scienziata in ostaggio gli ha spiattellato senza alcuna coercizione, ai russi, ma l'agente mandato a prelevare la scienziata lo uccide. Fawkes e Hobbes riescono a salvare Claire, ma vengono pedinati da Yevchenko, che subito neutralizza i due agenti e si reca all'incontro con un mercantile diretto in Russia. Con Claire in pieno delirio e Fawkes preda della follia da Quicksilver, la situazione è molto grave. Hobbes e Monroe arrivano al molo a situazione risolta. Fawkes ha infatti ucciso Yevchenko in combattimento ed ora lui e Claire si sono dati alla pazza gioia. Tommy riesce a produrre un antidoto contro il siero della verità che, dato a Keeper, produce immediatamente i suoi benefici effetti.
Keeper continua a lavorare con "Thomas Walker", al fine di liberare la memoria dell'uomo e poter recuperare i ricordi della procedura che permetterebbe l'estrazione della ghiandola di Darien. Walker si intrufola nel computer della misteriosa organizzazione per la quale lavorava come Augustine Gaither. La violazione della sicurezza mette in agitazione l'uomo apostrofato come il "Senza Nome", il quale ordina un'irruzione negli uffici dell'Agenzia, sicuro del fatto che Gaither sia ancora vivo. Ma l'Ufficiale, Hobbes, Fawkes e Keeper hanno già trasferito il prigioniero in un altro sito. Thomas rivela a Fawkes di aver recuperato la memoria. Gli uomini del Senza Nome scoprono il nuovo rifugio di Gaither. Per evitare un inutile spargimento di sangue, lo scienziato si consegna spontaneamente ai suoi ex-datori di lavoro. L'Ufficiale ordina a Darien e Bobby di penetrare nel quartier generale del RRAB, al fine di liberare Gaither, l'agente Monroe e recuperare tutti i dati che sono stati sottratti dai computer dell'Agenzia. Gaither finge di operare Darien, mentre in realtà ha deciso di liberarlo. Sopraffatto dai ricordi delle orribili azioni del passato, lo scienziato decide di far saltare in aria la base. NOTA: in uno dei momenti finali dell'episodio, Darien libera un uomo che era detenuto in una delle celle di sicurezza della base: costui è interpretato da Adam Storke. La sequenza non è altro che una specie di gioco-crossover fra "The Invisible Man" e "Prey", un'altra serie nella quale Vincent Ventresca vestiva i panni del dottor Ed Tate. In "Prey", Storke interpretava il ruolo di Tom Daniels, un uomo superiore che veniva catturato e rinchiuso in una specie di gabbia. Presumibilmente, qui egli recita nello stesso ruolo.
Darien viene contattato dalla dottoressa Mai-Lin Chong, una donna che possiede la capacità di rendersi invisibile. Questa gli spiega che, successivamente al prelievo di Quicksilver al quale Darien fu sottoposto mentre si trovava prigioniero nell'ambasciata cinese, è stato sviluppato una specie di zainetto che rilascia la sostanza direttamente in circolo e permette al soggetto ricevente di rendersi invisibile. Mai-Lin ora vuole scappare dal suo paese per rimanere per sempre nascosta a causa di un orribile ustione che le ha sfigurato il viso. Come contropartita è disposta ad offrire una formula che permette il riciclo del Quicksilver. Darien decide di aiutare la dottoressa. I due però sono inseguiti sia dagli uomini dell'Ufficiale che da quelli del suo omologo cinese. Questi ultimi hanno convinto gli americani che Mai-Lin è una terrorista che ha intenzione di compiere un attentato sul suolo americano. Quando Mai-Lin chiede a Darien di condurla in una centrale nucleare, anche Fawkes comincia a diventare sospettoso. Alla fine, il giovane scopre che Mai-Lin ha una relazione con l'agente che i cinesi hanno affiancato a Hobbes, il quale è deciso a fuggire con la sua amata lontano dai suoi inseguitori. Hobbes e Fawkes aiutano i due a realizzare il loro desiderio.
Dopo aver contribuito a risolvere l'ennesima crisi da Quicksilver di Darien, Keeper annuncia di aver perfezionato un inibitore della ghiandola che potrebbe permettere la disattivazione della stessa. Fawkes accetta di partecipare con entusiasmo alla sperimentazione, la quale dà gli esiti sperati: Darien può ora vivere come un comune mortale. Nel frattempo l'Ufficiale accetta di recuperare alcuni cristalli coltivati nello spazio che ora sono stati usati per produrre della droga. Sebbene incapace di rendersi invisibile, Darien decide di offrirsi volontario per la missione che prevede il furto dei cristalli da uno degli uffici di proprietà di Shane Waring, un filantropo e benefattore della comunità. Ma Darien viene fermato dagli uomini di Waring, così Hobbes e Monroe sono costretti a organizzare una frettolosa missione di recupero che termina con la cattura di Bobby. Darien chiede a Keeper di ripristinare l'uso della ghiandola, attraverso un procedimento che potrebbe avere degli effetti disastrosi sulla salute dell'uomo invisibile. Quando lo scambio di Hobbes con i cristalli non va per il verso giusto, Darien interviene e riesce, in extremis, a salvare la situazione riacquistando il potere dell'invisibilità. Keeper può così iniziare a lavorare per trovare una cura permanente al problema della follia.
Keeper e Hobbes si recano urgentemente a casa di Darien, il quale si trova nel pieno di una crisi di follia. Purtroppo sembra che l'organismo di Fawkes stia generando gli anticorpi necessari a respingere l'azione dell'antidoto. Keeper ha creato un nuovo antidoto potenziato, il quale però ha l'effetto collaterale di provocare l'entrata di Darien nell'ultimo stadio della follia, caratterizzato dal colore argenteo degli occhi. Dopo aver provocato una serie di tafferugli al parco, Darien visita la sua vecchia scuola, dove insegna padre Tom Moore. Keeper e Hobbes riescono a salvare la vita del prete. Bobby entra in contatto con alcuni residui di Quicksilver ed ha una reazione violenta contro l'Ufficiale. Diventa imperativo recuperare tutti i rimasugli prodotti dalla ghiandola che, per effetto del nuovo antidoto, non vengono immediatamente smaltiti. Con alcuni di questi è entrato in contatto padre Tom che ora si è recato nella casa del piccolo Val, determinato a farla pagare al padre violento del bambino. Ancora una volta Darien, Bobby e Claire arrivano in tempo per scongiurare il peggio. Keeper e Fawkes realizzano però che Darien sta lentamente diventando immune all'antidoto e questo, nel giro di qualche settimana, potrebbe diventare un problema.
Arnaud riesce a contattare Darien e l'Agenzia e conduce il primo fino ad un vigneto che è in realtà una base del gruppo Crisalide. Gli uomini di Stark hanno estratto la ghiandola dal cervello di Arnaud, l'hanno clonata ed impiantata su alcune mucche che ora producono Quicksilver. Ma per poter funzionare, le ghiandole clonate necessitano di continue inoculazioni di adrenalina, la quale viene prelevata direttamente dal sangue di Arnaud. Quest'ultimo tenta di convincere Darien a liberarlo. I due riescono a fuggire dalle grinfie della Crisalide, poi Fawkes pensa di uccidere il suo nemico, ma questi dichiara di poter risolvere il problema della follia. Darien porta Arnaud all'Agenzia, poi chiede a Keeper di aiutarlo a trovare la soluzione, mediante un gene suicida che potrebbe sopire l'effetto del Quicksilver. Nel frattempo, Fawkes e Hobbes guidano l'assalto alla base di Crisalide, dove gli uomini di Stark hanno già predisposto l'abbandono delle postazioni. Con uno stratagemma, Arnaud riesce a liberarsi e a fuggire dall'Agenzia. Keeper scopre che lo scienziato ha risolto il problema della follia, ma quando l'Ufficiale viene a sapere quello che Claire e Darien avevano in mente, mette di fronte la dottoressa ad una scelta. Per il bene di Darien, Keeper decide di non rivelare la verità e continuare a somministrare l'antidoto all'uomo invisibile.
Contravvenendo agli ordini che le sono stati impartiti dall'Ufficiale, Keeper rivela a Darien di aver risolto il problema della follia e gli inocula l'ultimo antidoto. Saputo delle minacce del suo superiore, Fawkes prende la decisione di lasciare l'Agenzia. All'inizio pensa di riprendere la sua vecchia vita, ma anche questa ormai sembra aver perso il suo gusto. Così alla fine accetta una proposta dell'FBI ed entra in forza presso i federali. Hobbes cerca di farlo desistere, ma non ottiene alcun risultato. Nel frattempo, Crisalide ha in mente di interferire con la ricerca di una cura per il cancro ed attacca alcune piantagioni di mais geneticamente modificato mediante alcune cavallette invisibili. Fawkes si trova a dover indagare sulla distruzione di un laboratorio, che i federali pensano sia opera di un gruppo di fanatici ambientalisti. Ma, grazie ad una soffiata di Hobbes, Darien intuisce che dietro a tutto ci sono gli uomini di Crisalide, una organizzazione che però sembra essere totalmente sconosciuta all'FBI. Fawkes chiede a Claire, che nel frattempo ha cambiato lavoro e ora si trova alla sezione delle malattie infettive, di aiutarla nell'indagine. I due, insieme a Hobbes, arrivano in un campo di granoturco, che sarà il prossimo obiettivo di Crisalide e riescono a prevenire l'attacco degli insetti distruttori. Fawkes decide di ritornare a lavorare per l'Agenzia, ma ad una serie di nuove condizioni. L'Ufficiale rivela di avere complottato affinché ricevesse la soffiata su Crisalide mentre si trovava dai federali: in sostanza, anche questa volta, Darien ha lavorato per lui. Anche Claire viene riassunta in Agenzia, la quale torna ad essere sotto il diretto controllo del Dipartimento di Caccia e Pesca.
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